微波治疗仪与传统热疗仪的根本区别在于微波的穿透力。由于采用波长为122毫米的电磁波（远红外的波长小于1毫米），其穿透能力是远红外电磁波的100多倍，所以能快速打通毛细血管，彻底改善病灶组织的血液循环。
主要治疗机理如下：
1.病灶组织中的水分子和带电物质吸收穿透过来的微波能量后产生振荡和旋转，其组织温度得以提升，打通原先阻滞的毛细血管，血液流量成倍增加。
2.大量白细胞、巨噬细胞和免疫蛋白随着血液循环到达病灶组织的细胞周围，实现清除致炎物质和吸收炎症消除肿胀的疗效。
3.由于大量新鲜血液灌注到病灶组织，病灶组织的细胞能轻松获得生命和代谢所需的营养物质，使病变细胞本身和其功能得以恢复。
4.酶类只有在37℃左右温度才能正常功能，当人体组织随着血液循环的改善而恢复到正常体温后，酶类就能起到应有作用。
5.人体局部组织吸收微波能量后温度上升，血管周围的神经间质引起轴突反射，使血管扩张，血流量大大提高，有效清除了代谢造成的致痛物质，同时纠正了酸碱平衡。同时“温度觉”的激活抑制了“疼痛觉”的神经传导，所以具有快速缓解和解除疼痛的双重功效。