无菌
棉签是进行皮肤消毒的必需用品，一旦受到污染，就可能使伤口发生感染。有些人认为，反正棉签都要蘸些酒精、碘伏等消毒液的，有点细菌不碍事。
他们不知道，消毒和灭菌是两个不同的概念。消毒是杀灭物品上的病原微生物;灭菌是彻底杀灭物品上一切致病和非致病的微生物，包括芽孢。灭菌包括了消毒，而消毒不能代替灭菌。也就是说，酒精、碘伏等消毒液虽然能杀灭病原微生物，但是如果棉签不是无菌的，而是带有芽孢等微生物的，那消毒液对其也毫无办法，甚至消毒液还会因此受到污染。所以，保证棉签的无菌性，是预防感染的重要措施。
盒装的不易被污染
无菌棉签开启后，为防止其外路部分受到污染，应该在使用完毕时，把剩余的棉签封好口，放置在柜内，不要随意敞开放在桌面上。另外，最好注明面前开封时间，一边在下次使用时，明确其是否让处于无菌状态。应该用笔在胶布上写好时间，再粘贴到无菌棉签的外包装袋上，而不要直接在外包装的塑料膜或纸上用笔写字，不然容易造成塑料膜或纸破损。
密闭的无菌棉签开启时，应该选择没有棉花包裹的尾部作为开口。纸包装棉签因为易受潮及破损，且包裹紧密，需要用手反复从尾部抽出(易污染棉签头)，所以最易受到污染。
塑料袋装棉签开口可以较大，但最好不要打手伸进去去棉签，而是应该用手隔着袋子把棉签挤出来，并且在用完后及时封口。
盒装棉签因为能防水、防潮，所以最不容易受污染。同样的，在使用时，最好是把棉签倒出来，而不是把手伸进盒子里取。
尽管盒装的棉签最不容易受污染，打他也不能逃脱“日抛型”的命运—只要开启超过24小时，就沦为或“打折处理”，不能再让其肩负伤口消毒处理的重任。