目前新农合的筹资水平还比较低，保障的水平也还不够高。在这种情况下，如果发生基金的违规使用，将对新农合制度的建设形成很大的冲击，会影响农民参加新农合的积极性。因此应不断完善内部和外部的监督制约机制。
最近一段时间，卫生部向全国通报了河南淅川县、陕西洋县在新农合基金使用中的违规行为。河南淅川县在开展健康体检的过程中，有关医疗机构虚报的体检人数达到89000人。按照人均体检补助8元的标准，该机构违规骗取的基金达71.28万元。有关部门经过查实后，目前已追回全部的违规骗取资金，同时免去淅川县卫生局局长的行政职务，并且给予县新农合办公室主任及5个卫生院院长行政降级处分，给予10个卫生院院长行政记大过处分或行政记过处分。河南省卫生厅和财政厅联合对淅川县违规行为给予通报批评。卫生部还通报了陕西洋县有个别医疗机构骗取新农合基金的情况。
卫生部根据这两起事件，已要求各地开展新农合工作的督导检查，对检查中发现的问题及时纠正，严肃处理，并在11月底前向卫生部反馈情况。卫生部还要求各地加强对新农合基金运行各环节的监管，加强宣传培训，使与新农合制度建设有关的各级各类机构切实认识到要把农民的利益放在第一位，提高我们新农合的管理水平。同时，要求各地建立长效机制，全面加强对定点医疗机构的监管。
新农合是我国推进医疗保障制度的重要组成部分。我国卫生工作的重点在农村，农村人口的医疗保障情况、制度的完善情况是衡量我国卫生工作的重要指标。
同时，通过新农合制度的建立，缓解农民群众看病费用问题，降低他们的疾病风险，这对于提高农民的生活质量、促进农村的生产和经济发展以及农村的稳定，都将发挥越来越重要的作用。所以，新农合制度在我国新农村建设中具有重要的作用。idxdy0003