此前已有科研小组通过基因测序发现，这次疫情的致病菌与常见的肠出血性大肠杆菌有很大不同。由中国深圳华大基因研究院等中方研究机构和德国汉堡—埃彭多夫大学医学院研究人员组成的研究组认为，本次疫情的致病菌是一种新型大肠杆菌，混合了肠聚集性大肠杆菌和肠出血性大肠杆菌的基因成分。
德国明斯特大学的研究组也确认了致病菌在基因上的杂合特性，但认为它并非全新病菌，而是一种曾导致少数感染病例的罕见大肠杆菌的变种。
一个月来在德国等欧洲国家造成大范围肠病疫情的致病菌一直被称为肠出血性大肠杆菌。但德国哥廷根大学的研究人员15日提出，应该将这种病菌更名为“肠聚集出血性大肠杆菌”，以反映它的特性。
哥廷根大学研究人员说，他们对从德国汉堡两名患者身上分离出的致病菌进行了基因测序，发现它有超过96％的遗传物质与一种肠聚集性大肠杆菌的遗传物质相同。所不同的是前者借助噬菌体的帮助，从其他大肠杆菌那里获得了一个能产生志贺样毒素的基因。
志贺样毒素是一种蛋白质毒素，由某些种类的大肠杆菌分泌，能导致腹泻、出血性结肠炎和溶血性尿毒综合征。上述基因组合造就了新菌株的特殊危险性：它的细胞通过黏附和聚集可在肠道内形成一大块感染灶，同时释放出危害性很强的毒素。此外，这种病菌细胞内的耐药遗传因子还使它对多种抗生素具有耐药性。idxdy0003