众所周知，目前已有不少医疗器械产品使用软件，尤其是一些CT、MRI等电子诊断成像设备和电子血压表、电子血糖仪、便携式心电图仪、心率仪等便携式电子诊断器械产品，无一不安装有内藏式软件。利用新开发的高性能软件可进一步降低上述便携式电子诊断仪或大型电子诊断成像仪的成本与零售价，且操作性能更优越。
许多医疗器械必须采用可靠性极高的数据库，以便及时准确识别病人的病情严重程度并自动发出警告，提醒医生采取对症治疗措施。至于早期植入式软件，研究人员均利用平面操作系统文件将医生数据处理码拼凑而成。这类软件相应较简单，当然也不适合执行真正的数据库处理系统所需的多用途“并发访问”、自动恢复和深度执行的顺序界面。
微软公司的windows是目前医疗器械业使用最广泛的一种操作系统（OSs），并为不少用户所熟悉。但windows存在“硬实时反应”与系统安全性存在漏洞等缺点。由于医疗器械产品对病人安全性的要求极高，无论windows还是Linux软件均有需要改进之处。如涉及到病人信息的安全性问题有许多方面必须加以考虑。而目前的操作系统很难确保病人的信息不会被泄露（尤其是涉及到病人隐私的信息）被人恶意利用牟利等。
在医疗器械招商人士看来，推动电子医疗器械业进步的另一原动力来自器械操作人员的“省力”设想，比如将两台不相干的器械接合起来。这就涉及到不同设备之间的兼容性问题与安全运行的关系。现在一种名为“虚拟化”的管理顺序已取得突破。虚拟化可成为一种植入式平台，以支持各种不同器械功能的运行。虚拟化技术可使不同的操作系统同时运行，如Multiple-Linux与windows等。
医疗器械招商人士指出，医用软件的质量必须随使用时间的长短才能显现。由于软件系统的复杂性，采用既往技术的商用软件可大大缩短上市时间，但这并不意味着目前医疗器械上使用的商用软件无懈可击。少数缺点是客观存在的。随着它们在实际应用时陆续被操作人员所发现，这些缺点将很快被纠正。