2011年12月29日，重庆药交所鸣锣开市，此次基本药物、医疗器械实现电子挂牌交易均属全国首创，对保障基本医疗用药安全、撬动基层医疗卫生综合改革、建立公益导向新机制，规范医疗器械市场具有重要意义。至此，重庆药交所电子挂牌交易范围对基本药物、非基本药物和医疗器械初步实现全覆盖。三种交易，一个平台，统一模式，全程监管，标志着重庆药品交易所作为政府主导与市场机制相结合的第三方医药全流程电子交易公共服务平台基本建成。
此外，还明确了药交所交易流程与制度安排，即：凡进场交易的买、卖、配三方，必须经过严格审核，资质合法、诚信经营的企业方可注册成为会员。
挂牌交易
生产企业以不高于入市价的价格在交易所挂牌，医院在挂牌药品和医疗器械中选择购买，双方达成一致后确定购买价格、数量和合同期限，签订电子交易合同。
交收配送
生产企业根据配送企业的配送能力，选择规定数量的配送企业建立委托配送关系。医疗机构在生产企业委托的配送企业中选择配送企业，形成买、卖、配三方绑定的电子合同，由绑定的配送企业完成药品和医疗器械配送。
货款结算
药交所与银行合作，组建结算中心。全市各级医疗机构的交易货款，必须通过结算中心统一进行电子支付，并严格执行60天限时结算制度。
考核评价
药交所建立了较为完善的会员考核评价体系。根据三方职责划分和履约责任，分别设立评价指标，对买、卖、配三方履约行为进行定期评价，评价结果通过药交所网站向社会公开，政府、媒体和社会各界可随时登录查询。