但是，台湾医疗器械行业具有产业规模小、品牌建立和企业扩张不易、高端产业尚未成熟、无主导性产品营销全球、缺乏临床研发人才等劣势；并且，台湾医疗器械产品进入大陆市场面临产品分类不同、认证时间长、知识产权保护不足、市场布局不易、外商竞争激烈等挑战。而大陆具备市场规模庞大，经济快速成长；法规严谨，更新快速；政府极力推动鼓励生物医药产业发展；全国性生物医药园区达22个以上，招商条件优厚；政府奖励研发；产品价格低廉，质量逐年提升；具备大型诊断影像产品制造经验等优势。这些对于台湾同仁来说，颇具合作的吸引力。
按照ECFA，大陆对539项原产于台湾的农产品、化工产品、机械产品、医疗产品等实施降税；台湾则对267项原产于大陆的石化产品、机械产品、纺织产品等实施降税。其余产品仍按最惠税率进口。其中，从2011年1月1日起，大陆对原产于台湾的人造关节产品的进口税率为“0”。
在蔡天智看来，“ECFA对海峡两岸医疗器械行业的影响将突出地体现在服务贸易和技术交流方面——医院、展览和研发领域有望实施更加开放的措施，两岸医疗器械贸易、技术交流也将更为活跃”。
“ECFA签署后，盼能加强双方互相投资与合作的机会。”陈滨表示，目前两岸医疗器械行业应加深合作的领域有居家健康器械、医学影像、健康管理、远程医疗、医疗管理、医疗电子零部件等。他强调，“为了实现两岸业界的优势互补、互利双赢，双方应建立合作策略联盟，加强技术人才交流，并设立专门的联络机构，以便交换信息，共同开发市场”。
全球金融危机令大家意识到，实体经济在经济发展中的重要性，全球制造业竞争将日趋激烈。世界原有分工格局被打破，突显了两岸区域整合的紧迫性和必要性。在医疗器械生产领域，我们热盼两岸的合作和互动，共同在全球医疗器械产业中占据有利位置。