《医药工业十二五发展规划》从产业规模平稳较快增长、确保基本药物供应、技术创新能力增强、质量安全上水平、产业集中度提高、国际竞争力提升、节能减排取得成效等几个方面，对上述《工业转型升级规划》提出的目标进行了细化分解和具体落实。
例如，就技术创新方面，《医药工业十二五发展规划》要求：建立健全以企业为主体的技术创新体系，重点骨干企业研发投入达到销售收入的5%以上，创新能力明显提高。“十二五”期间获得新药证书的原创药物达到30个以上，开发30个以上通用名药物新品种，完成200个以上医药大品种的改造升级，开发50个以上掌握核心技术的医疗器械品种。这一要求也高于《工业转型升级规划》对全行业所要求的“规模以上工业企业研究与试验发展（R&D）经费内部支出占主营业务收入比重达到1%，重点骨干企业达到3%以上”。
在医药重点发展领域方面，《医药工业十二五发展规划》要求：抓住国内外医药需求快速增长和全球市场结构调整的重大机遇，落实培育和发展战略性新兴产业的总体要求，大力发展生物技术药物、化学药新品种、现代中药、先进医疗器械、新型药用辅料包装材料和制药设备，加快推进各领域新技术的开发和应用，促进医药工业转型升级和快速发展。
据悉，《工业转型升级规划》提出了完善产业政策体系及功能、强化工业标准规范及准入条件、加大财税支持力度等8个方面的保障措施，确保主要目标任务的顺利实现。《医药工业十二五发展规划》则提出，将建立跨部门分工协作、共同推进的工作机制，加强对规划实施的统一领导和精心组织，制定规划实施细则，确保各项任务和措施落到实处。建立规划实施动态评估机制，做好行业运行监测，及时做好发展形势的分析和信息发布，引导产业健康发展。