1.医院档案管理格局较为混乱
目前，我国大多数医疗部门的档案管理基本都是多部门管理档案的格局。医院的综合档案室一般只管理一些文书档案、科技档案和财务档案等，隶属行政办公室管理。而医疗文书档案以及各种检查影像等又分别隶属于其他医务部门进行日常管理。而由于这些管理部门所采用的管理方式不同，其在管理职责上也不明确，没有纳入医院的综合目标管理的考核中，这种多头管理，各有政策的现象，在很大程度上造成了管理标准化的难以进行。
2.医院档案信息化建设重视程度不够
随着互联网的广泛应用和发展，计算机的应用已经成为医院日常经营和发展不可缺少的重要部分，从最简单的管理信息系统和财务系统到完善的医院信息系统、放射科信息系统、影像存档和通讯系统、实验室信息系统以及局域网管理和办公自动化等，都已经开始在医院中使用并运行。但仍存在一些领导对档案信息化建设的作用和迫切性的认识不够，导致医院的信息化建设进程中未没有将档案信息化管理纳入工作的重点，对档案信息化建设的重视程度不够。
3.档案管理软件系统开发相对落后
目前，我国关于档案管理软件方面的开发速度和水平还明显落后于计算机硬件技术的发展，尤其是在医院档案管理软件方面显得更为欠缺。随着医疗档案数量和种类的快速增长，以及对档案信息化的利用需求的不断增加，单版机计算机档案管理已经无法适应当前形势的发展，缺乏可兼容性和可扩张性，急需升级和更新。
4.档案专业人员专业素质有待提高
目前医院现有的档案管理人员的知识结构比较单一，尤其是在计算机网络技术的应用能力方面的技术水平较低，专业知识匮乏。缺乏专业的档案信息管理人员，员工工作的主动性和创新性不够，不符合现代化医疗行业对档案管理的高要求。