医药经营企业运营过程中影响费用总水平的因素主要是物流成本、人工成本、销售费用及财务费用。其中物流成本主要包括燃油、路桥、保险等配送费用及物流托运费；人工成本主要包括人工工资、社保统筹、人员培训、绩效奖励等费用；销售费用主要包括年销返利、商业促销、临床营销等费用；财务费用主要包括财务融资费用、应收及预付资金占用以及相关税费等。
医药商业企业由于毛利低、费用大，需要在降费和增效方面寻求更多办法。总体来说就是抓销售，提升毛利；抓费用，控制成本；抓效益，提高效率；抓开源，深化节流；抓科技，创新管理。
提升毛利水平
整体收入水平的提高主要有赖两方面，一是增加经营毛利，二是开拓多种收入来源。
在增加经营毛利方面，一是除继续巩固扩大普药市场外，有计划地开发中药材、医疗器械、计生用品、日用品、原料药等特色品种销售，以高毛利板块经营提高销售利润；二是在采购中加强返利清收，全面统算采购协议返利，督促厂家返利及时兑付；三是向上游供应商争取各种营业外收入、临时政策收入等费用，减少销售成本上涨的压力。
在开拓多种收入来源方面，除了主营业务的毛利贡献外，要开发多种增值服务手段，如提供电子平台服务、第三方物流储运服务、物流信息技术服务、员工培训教育服务等，从药品经营之外取得收益。同时开发多种配套经营项目，围绕医药产业链，开设零售药房、医疗诊所等终端，或者设立药品生产、中药材加工、药用包装材料制造等生产企业，以产业上、下游相关性的发展提升综合毛利水平。
扩大销量规模
在控制总体费用的前提下，通过扩大销量从而降低综合费用率。主要方式一是抓网络，二是抓品种。
在网络管理上，一是加强销售客户的年销协议签订，确定协议任务增长比例，适当增加协议任务量；二是加强与重点销量客户的关系沟通，通过20%的重点客户拉动80%的市场销售；三是与厂家共同配合开发二级分销商，争取更多优质二级分销资源，锁定固有销量；四是加强网络拓展和终端开发，以网络数量换取销售规模。
在品种管理上，一是加大生产厂家及品种开发，不断增加供应商，取得更多一级经销授权；二是争取中标品种的配送权，通过中标品种扩大医院网络销售份额；三是重视战略品种、销量品种、畅销品种的维护和引进，通过销量前100个品种带动40%~60%的销售；四是进行品种代理，加强流通品种、临床品种、中标品种的代理力度，与厂家共同合作扩展代理品种更大的市场空间；五是大力开发小厂家、小品种，通过品种满足率拉动终端销售。