多重耐药菌主要是指对临床使用的三类或三类以上抗菌药物同时呈现耐药的细菌。常见多重耐药菌包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）、耐万古霉素肠球菌（VRE）、产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）细菌、耐碳青霉烯类抗菌药物肠杆菌科细菌（CRE）（如产Ⅰ型新德里金属β-内酰胺酶[NDM-1]或产碳青霉烯酶[KPC]的肠杆菌科细菌）、耐碳青霉烯类抗菌药物鲍曼不动杆菌（CR-AB）、多重耐药/泛耐药铜绿假单胞菌（MDR/PDR-PA）和多重耐药结核分枝杆菌等。由多重耐药菌引起的感染呈现复杂性、难治性等特点，主要感染类型包括泌尿道感染、外科手术部位感染、医院获得性肺炎、导管相关血流感染等。
《指南》要求，对确定或高度疑似多重耐药菌感染患者或定植患者（携带多重耐药菌但未感染者），应当严格实施隔离措施，患者隔离期间要定期监测多重耐药菌感染情况。要尽量选择单间隔离，不宜将多重耐药菌感染或者定植患者与留置各种管道、有开放伤口或者免疫功能低下的患者安置在同一房间。与患者直接接触的相关医疗器械、器具及物品要专人专用，并及时消毒；轮椅、担架、床旁心电图机等不能专人专用的医疗器械、器具及物品，要在每次使用后擦拭消毒。医务人员对患者实施诊疗护理操作时，应当将高度疑似或确诊多重耐药菌感染患者或定植患者安排在最后进行，完成操作后，要及时脱去手套和隔离衣，并进行手卫生。
《指南》提出，在重症监护病房（ICU）、新生儿室、血液科病房、呼吸科病房、神经科病房、烧伤病房等重点部门，要特别加强医务人员的手卫生管理，并加强清洁和消毒。对长期收治在ICU的患者，或接受过广谱抗菌药物治疗或抗菌药物治疗效果不佳的患者，留置各种管道以及合并慢性基础疾病的患者等重点人群，要加强管理力度。
此外，《指南》要求医务人员合理使用抗菌药物，避免因药物使用不当导致细菌耐药的发生。要求临床微生物实验室至少每半年向全院公布一次临床常见分离细菌菌株及其药敏情况，定期向临床医师提供最新的抗菌药物敏感性总结报告和趋势分析，提高临床抗菌药物处方水平。