根据《意见》，我国将形成符合国际标准的“长三角”、“珠三角”和“环渤海”三个综合性医药生产基地；中西部地区发挥资源优势，发展特色鲜明的专业性生产基地，形成东、中、西部优势互补的布局。
为了保障加快医药行业结构调整任务和目标实现，我国将鼓励技术创新；加强技术改造；发挥药品价格杠杆调节作用；完善集中采购和临床使用政策；发挥药品监管的促进作用；完善企业兼并重组支持政策；制止重复建设，淘汰落后产品和工艺；推进中药材生产产业化进程；推动医药产业集群化发展；加强运行监测分析工作；发挥行业协会作用，加强行业自律，促进行业健康有序发展。
按照深化医药卫生体制改革的总体要求，我国医药行业将以结构调整为主线，加强自主创新，促进新品种、新技术研发，推动兼并重组，培育大企业集团，加快技术改造，增强企业素质和国际竞争力，通过五年的调整，使行业结构趋于合理，发展方式明显转变，综合实力显著提高，逐步实现医药行业由大到强的转变。这是日前由工信部、卫生部、国家食品药品监管局共同制定的《关于加快医药行业结构调整的指导意见》（以下简称《意见》）提出的指导思想。
为了加快医药行业结构调整，《意见》提出，要坚持发挥市场机制作用与加强政策引导相结合，促进企业加强管理，实现优胜劣汰，推动医药行业结构优化升级。坚持自主创新、技术改造与淘汰落后相结合，重点推进生物医药技术创新与产业化，推动企业按照《药品生产质量管理规范（2010年修订）》（GMP）进行改造，淘汰高耗能、高耗水、污染大、效率低的落后工艺和设备，严格控制新增产能；坚持保障生产供应与强化质量安全相结合，增加基本药物生产，保障供应，推进基本药物与非基本药物协调发展，强化生产企业是药品质量第一责任人的理念，加强质量管理，完善标准和检测体系，保证药品安全有效。
《意见》明确了加快调整医药行业产品结构、技术结构、组织结构、区域结构和出口结构的具体内容。其中，基本药物主要品种销量居前20位企业所占市场份额应达到80％以上；在化学药领域，争取有10个以上自主知识产权药物实现产业化；在生物技术药物领域，争取有15个以上新的生物技术药物投放市场；在中药领域，培育50个以上疗效确切、物质基础清楚、作用机理明确、安全性高、剂型先进、质量稳定可控的现代中药，同时促进民族药的研发和产业化，促进民族药标准提高，加强中药知识产权保护。在医疗器械领域，培育200个以上拥有自主知识产权、掌握核心技术、达到国际先进水平、销售收入超过1000万元的先进医疗设备。idxdy0003